Imediatamente após o início da Reforma Protestante, a Igreja Católica Romana decidiu tomar medidas para frear o avanço da Reforma. Realizou-se, então, o Concílio de Trento (1545-1563),[48] que resultou no início da Contra-Reforma ou Reforma Católica,[49] na qual os Jesuítas tiveram um papel importante.[50] A Inquisição e a censura exercida pela Igreja Católica foram igualmente determinantes para evitar que as idéias reformadoras encontrassem divulgação em Portugal, Espanha ou Itália, países católicos.[51]
O biógrafo de João Calvino, o francês Bernard Cottret, escreveu: "Com o Concílio de Trento (1545-1563)… trata-se da racionalização e reforma da vida do clero. A Reforma Protestante é para ser entendida num sentido mais extenso: ela denomina a exortação ao regresso aos valores cristãos de cada "indivíduo"". Segundo Bernard Cottret, "A reforma cristã, em toda a sua diversidade, aparece centrada na teologia da salvação. A salvação, no Cristianismo, é forçosamente algo de individual, diz mais respeito ao indivíduo do que à comunidade",[52] diferente da pregação católica que defende a salvação na igreja.[53]
O principal acontecimento da contra-reforma foi a Massacre da noite de São Bartolomeu. As matanças, organizadas pela casa real francesa, começaram em 24 de Agosto de 1572 e duraram vários meses, inicialmente em Paris e depois em outras cidades francesas, vitimando entre 70.000 e 100.000 protestantes franceses (chamados huguenotes).[54]
